使用FAIMS-PRM检测新抗原

华盛顿大学的研究者们于2024年8月1日在Cancer Immunology Research上发表了题为Improvement of Tumor Neoantigen Detection by High-Field Asymmetric Waveform Ion Mobility Mass Spectrometry《利用高场不对称波形离子迁移质谱法改进肿瘤新抗原检测》的工作。链接:https://doi.org/10.1158/2326-6066.CIR-23-0900

肿瘤新抗原是由肿瘤特异性突变产生的抗原,由于量少、缺库、污染多,使用传统的质谱方法进行检测时的灵敏度往往相对更低,因此通常需要大量的起始肿瘤样本用于样本处理。

本文中,研究者们评估了高场不对称波形离子迁移质谱(FAIMS)技术对质谱检测肿瘤新抗原的灵敏度提升效果。他们进行的实验主要分为三种:

FAIMS-PRM方法的建立:研究者首先通过DDA确认几种小鼠肿瘤细胞系中MHC-I抗原的存在并以此建库、然后进行FAIMS-PRM分析。与单纯的PRM相比,FAIMS-PRM对1956中的mPsmd6抗原检测提高了三倍、对F244肿瘤中的mPex14抗原检测提高了六倍​、对T3中的mItgb1抗原检测提高了14倍。

补偿电压CV的优化:实验中,研究者选择了不同的CV组合,并对比分析了在这些组合下的MHC-I和MHC-II两种肽组的抗原检测结果、藉此选出最佳的CV设置(文中是-40V和-65V)。

细胞起始用量的梯度滴定:为确定检测mItgb1抗原所需的最小材料量,研究者们评估了不同数量的细胞样本等同物(等同于90m、45m、9m和4.5m IFNγ刺激后的
T3 细胞)中mItgb1的含量。结果显示不同起始量下不同方法都能测到…但加了FAIMS后PRM的信号值高出5倍,这表明该方法的检测下限还远没有达到。

近期分享的几项新抗原研究都提示了风向:用百毫克级别起始量的肿瘤组织、搭配一个“还不错”(adequate)的质谱,可以够到临床使用而非单纯科研需要的门槛了。搭建检测体系、优化分析条件、和最可怕的troubleshooting会花大量的时间;但反观之,这种技术壁垒也是临床检测产品的蓝海。也更期待类似的“授人以渔”的技术论文能出现和被传阅。

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华盛顿大学的研究者们于2024年8月1日在Cancer Immunology Research上发表了题为Improvement of Tumor Neoantigen Detection by