华盛顿大学的研究者们于2024年8月1日在Cancer Immunology Research上发表了题为Improvement of Tumor Neoantigen Detection by High-Field Asymmetric Waveform Ion Mobility Mass Spectrometry《利用高场不对称波形离子迁移质谱法改进肿瘤新抗原检测》的工作。链接：https://doi.org/10.1158/2326-6066.CIR-23-0900 。
肿瘤新抗原是由肿瘤特异性突变产生的抗原，由于量少、缺库、污染多，使用传统的质谱方法进行检测时的灵敏度往往相对更低，因此通常需要大量的起始肿瘤样本用于样本处理。
本文中，研究者们评估了高场不对称波形离子迁移质谱（FAIMS）技术对质谱检测肿瘤新抗原的灵敏度提升效果。他们进行的实验主要分为三种：
FAIMS-PRM方法的建立：研究者首先通过DDA确认几种小鼠肿瘤细胞系中MHC-I抗原的存在并以此建库、然后进行FAIMS-PRM分析。与单纯的PRM相比，FAIMS-PRM对1956中的mPsmd6抗原检测提高了三倍、对F244肿瘤中的mPex14抗原检测提高了六倍、对T3中的mItgb1抗原检测提高了14倍。
补偿电压CV的优化：实验中，研究者选择了不同的CV组合，并对比分析了在这些组合下的MHC-I和MHC-II两种肽组的抗原检测结果、藉此选出最佳的CV设置（文中是-40V和-65V）。
细胞起始用量的梯度滴定：为确定检测mItgb1抗原所需的最小材料量，研究者们评估了不同数量的细胞样本等同物（等同于90m、45m、9m和4.5m IFNγ刺激后的
T3 细胞）中mItgb1的含量。结果显示不同起始量下不同方法都能测到…但加了FAIMS后PRM的信号值高出5倍，这表明该方法的检测下限还远没有达到。
近期分享的几项新抗原研究都提示了风向：用百毫克级别起始量的肿瘤组织、搭配一个“还不错”（adequate）的质谱，可以够到临床使用而非单纯科研需要的门槛了。搭建检测体系、优化分析条件、和最可怕的troubleshooting会花大量的时间；但反观之，这种技术壁垒也是临床检测产品的蓝海。也更期待类似的“授人以渔”的技术论文能出现和被传阅。
