来自日本札幌医科大学的研究者们日前于Science Advances上线了他们的研究论文：Identification of immunogenic HLA class I and IIneoantigens using surrogate immunopeptidomes，报道了一种名为 “代理免疫肽组用于新抗原选择 (Neoantigen Selection using a Surrogate Immunopeptidome, NESSIE)” 的基因蛋白组学（proteogenomics）方法用于新生抗原（neoantigen）的鉴定。链接：https://www.science.org/doi/epdf/10.1126/sciadv.ado6491
现有的新生抗原鉴定技术，要么依赖于预测软件给出一个可能的突变库用于检索，要么需要结合全外显子测序等基因组技术和免疫共沉淀质谱技术查找肿瘤样本本身的可能突变。这些方法要么引入巨大的假阳性、要么对样本的类型（肿瘤、新鲜或新鲜冷冻）有严格要求。文中提出的NESSIE方法利用患者非癌组织的样本测得的免疫肽组（文中称作“自体野生型免疫肽组”）作为原本需研究的肿瘤免疫肽组的替代。例如，使用患者的外周血单核细胞(PBMCs，含有可与新生抗原反应的CD4+ T细胞)即可测得“代理免疫肽组”；再通过结合对肿瘤组织本身的全外显子测序数据对结果进行精炼，还可以降低通过计算预测产生的假阳性。通过这套流程获得的新生抗原的candidate可以直接去做下游验证。
NESSIE与现有的in silico预测方法相比，显著减少了预测的新抗原数量（文中有例，结直肠癌的研究中NESSIE给出了2个candidate，而in silico方法给出了126个；它们都测到了高免疫原性的多肽KRV9，但明显NESSIE对下游验证的负担减轻了太多），因此是一种高特异性的新生抗原筛选方法。
By the end of the day，库是免疫肽分析中至关重要的一步……
