西班牙阿兹海默研究中心近期于medRXiv上传了一篇基于临床应用的技术论文，比较了两种不同蛋白质组学平台：SomaScan和Olink® Explore。链接：https://doi.org/10.1101/2024.07.18.24310563
研究涉及了超过两百例阿兹海默(AD)病人的1370个脑脊液（CSF）样本；除技术的对比外，论文后部分也沿用了临床组学论文的标准思路，计算并列出了一系列可能跟AD临床表型相关的蛋白生物标志物。
就技术而言，研究者们发现Olink在板内（intra-assay）和板间（inter-assay）CV值方面表现出较大的变异性；在板间CV值的评估中，Olink平台表现出显著更多的极端CV值、且中位数超过10%、比SomaScan平台的5%更大。在板内CV值的评估中，Olink平台的中位数依旧超过10%、也大于SomaScan平台的5%。从具体数据来看，SomaScan板内98.6%的蛋白质CV值低于20%、板间，93.7%的蛋白质CV值低于20%。因此，SomaScan的测量精确性和一致性更好、更适合需要对数据质量进行严格控制的蛋白组分析。虽然没有在结果中强调，研究者们所采用的SomaScan产品是SomaScan 7k，理论蛋白覆盖量可达7000种，也高于Olink现有水平。不过研究者们强调了Olink对于部分蛋白的检测结果一致性要更好，如NGFR、IL10RA等；且Olink所需样本起始量的理论值更低（网站报道为Olink 5uL左右、SomaScan 55uL左右）。
这并不是唯一比较基于抗体（Olink）和基于适体（SomaScan）的蛋白分析优劣的论文（笔者注：文中研究者们将Olink简单归类为抗体法是以偏概全的，毕竟ELISA等传统蛋白分析法也是抗体法。对Olink更准确的定义词可以是”亲和扩展抗体法”或“多重抗体法”）。相似的论文还包括Ronny等人在2023年发表在Clinical Chemistry上的、对二者在血液样本蛋白检测上的技术评估(PMID: 36508319)等等，感兴趣的读者可以查阅。出于多种原因，多数同时期技术的比较论文并不会给出特别偏向性讨论结果。考虑到除了对共同鉴定的结果进行定量上的评估，笔者认为以后的论文可以额外关注只在SomaScan或Olink中鉴定到的独特蛋白。若这其中有高分蛋白标志物、并能给出实验验证，足以胜千言……
论文也提到了质谱是目前高通量蛋白质组鉴定的金标准方法。关于质谱和Olink技术的比较，笔者曾发表过一篇技术综述（https://doi.org/10.1093/lifemedi/lnad023），欢迎感兴趣的读者参阅。
