来自赛默飞的研究者们日前公开了一份技术海报，介绍了他们的蛋白质组学新产品：35重标记的TMTpro试剂。海报链接：https://view.highspot.com/viewer/deeeb8ff9546f64af50e81ee82db58a6
TMTpro试剂是用于质谱中的等重标记，用来对多个样本中的蛋白质和肽进行标记和定量分析。标准的TMTpro支持最多18重分析（可参看2020年的Nature Methods：https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/32203386/；以及2021年的JPR: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/33900084/）。新开发的氘化标签(n=17)通过引入额外的一组含氘的同位素异构体，和现有的非氘化标签(n=18)之间形成具有3毫道尔顿（mDa）的质量差异，因此使TMTpro试剂的种类直接成倍、可分析多达35个样本。详细的信息和商品已经在赛默飞网站上线（链接：https://www.thermofisher.com/ca/en/home/life-science/protein-biology/protein-mass-spectrometry-analysis/protein-quantitation-mass-spectrometry/tandem-mass-tag-systems.html）。
这篇海报重点研究了32重系统（16个非氘化标签和16个氘化标签），通过使用Orbitrap Eclipse质谱分析表明： TMTpro 32重系统的标记效率可达到99.5%以上；定量性能都与16重和18重系统相当；此外，由于纳入的样本量更多、因此32重系统对缺失值的控制更好，相比于两个独立的18重实验也可鉴定出更多的蛋白和多肽。
研究基于不同分辨率的滴定实验发现，报告离子峰在分辨率为75K（@200 m/z）时能达到基线的5%、在分辨率为90K时可实现完全的基线分离（结合TurboTMT技术后所需的分辨率会降低一些）。因此，若想保证最准确的定量，一个强大分辨率的、目前只适用于Orbitrap的MS2是完全必要的；另一个技术问题来自于用氘化试剂带来的保留时间偏移；考虑到这种偏移对于每个氘化试剂都是一致的，研究中设置了两套Control通道，将氘化通道的结果与氘化的对照通道匹配（文中使用的词叫reference）、将非氘化通道的结果与非氘化的对照通道匹配（笔者注：文中为展示、但实际应用中是不是也应考虑评估氘化对照通道与非氘化对照通道间的相关性？）
总结来看，TMTpro试剂通过引入氘化标签，显著增加了可同时分析样本的数量，从而减少了不同实验之间的变异性和数据缺失。但是，虽然氘化标签带来的保留时间偏移可以被校正，但这种偏移可能会在一些需要更高时间分辨率的实验中造成干扰（比如metaproteomics，immunopeptidomics等），因此还需结合具体应用做仔细评估。题外话：笔者了解到近期氘代产品还被太平洋警察美国商务部做了管制，货期惊人；因此，是选择花数月等一套价值不菲的试剂，还是将TMT结合SILAC实现32重、或是结合Boc-Gly-OSu 反应实现32重等，甚或转用国产的多重标记试剂，留给读者们做权衡。
