来自华盛顿大学的Michael MacCoss团队日前于JPR上线了他们的技术论文：A Framework for Quality Control in Quantitative Proteomics，讨论了于定量蛋白质组学实验中设立质量控制框架，以评估样品制备、系统性能和定量数据的可靠/稳定性。论文链接：https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.jproteome.4c00363#
定量蛋白质组学涉及到多步复杂的技术流程、每步都可能存在系统或技术误差，包括系统适应性问题、蛋白质提取和消化过程中的差异等。快捷且稳定持续的质控对于发现和排除这些问题至关重要。
论文尤其强调了设立系统适应性（System Suitability）样本的必要性。通过重复测量适应性样品，可以监控LC-MS系统的运行状态，及时识别来自仪器的系统故障。论文也提出要设立包括内部与外部两种质控样品，其中内部质控（包括蛋白质和肽段水平上的质控）用于检测样品制备问题，并区分系统故障与样品特异性问题；外部质控样品与实验样品一起处理， 用于评估批次间和实验间的差异，确保实验结果的可比性。论文以血浆、脑组织、脑脊液等样本对质控改进定量结果进行了案例展示。
论文中的质控是基于MacCoss团队终年开发的软件套餐进行的，结合了Skyline软件进行快速数据分析、AutoQC进行长期的质控监控，以及PanoramaWeb进行数据存储与分享。
