原标题：蛋白质是什么？（下） 蛋白质组：蛋白质的4+级结构（上）蛋白质组：蛋白质的4+级结构（中） 我们前面讲了蛋白质的4级与4+级结构，大家应该对这张图有很直接的理解了。每个点是一个蛋白，每条线是蛋白之间的关系，每一簇是一个蛋白的4+结构和或蛋白质网络。人的身体里面有不同的网络、它们相互联系以组成这个有活力的生命体。 我们上面从蛋白质的简单讲到复杂，而蛋白质的酶解可以被认为是的对这个过程的反向：把一个线团给拆成线、然后再用剪刀这条线剪断，就是蛋白质酶解的过程。 我们在认识一个问题之前，要了解我们做它的目的；蛋白质为什么要酶解呢？在自然界里蛋白质酶解是无时无刻不在发生的，因为蛋白质是我们人体的营养来源之一，我们喝蛋白粉、我们吃肉，都是补给自己、供应能量。猪、牛的蛋白质不能被我们直接的利用，而要首先通过酶解转变成小分子多肽或短肽、乃至氨基酸，才能被我们吸收利用；再通过前述的过程搭建我们人体的蛋白质。蛋白质的酶解，英文的意思叫蛋白质的消化，是很好理解的。这个过程也是通过若干种蛋白酶的协同的相互作用去进行的。 我们现在看如何对蛋白质进行酶解。我们是用一个类似于小剪刀的东西把这个线段给剪开；这…read more
标签： 多肽
追溯SEQUEST：1994年的思维尖刀
English title: SEQUEST: Pioneer of the Year 1994 The original version of this article was published in the HUPO Official Wechat. Dr. Luyao Liu from Dalian Institute of Chemical Physics, CAS helped with the revision. I made several edits in this version. 原文标题：An Approach to Correlate Tandem Mass Spectral Data of Peptides with Amino Acid Sequences in a Protein Database；原文链接：https://pubs.acs.org/doi/10.1016/1044-0305(94)80016-2 一作：Jimmy Eng；通讯：John Yates. SEQUEST是由Jimmy Eng和John Yates领衔、在1994年完成设计的…read more
蛋白质组：蛋白质的4+级结构（上）
原标题：蛋白质是什么？（上） 引言 蛋白质和蛋白质组的科学概念，虽然简单却难以说清。我尝试对蛋白质学科进行科普。我通过类比来描述从氨基酸到多肽再到蛋白质的分子学和结构学定义；再将蛋白质组拟定为蛋白质的4+级结构，来阐释蛋白质间相互作用的特性。 （如下内容更改于20211206为西湖欧米做的培训录屏。文字经音频转换并人工核对修改；图片内容来自课件；部分素材收集于网络并已标明出处） 蛋白质为什么叫蛋白质？ 大家有没有好奇过：蛋白质这个名词是怎么来的？不像核苷酸或氨基酸——是化学物质的直接翻译；也不像基因——从英文gene直接音译过来，这个名字听起来就有点怪怪的。 从历史来看，在18世纪的时候，有个科学家用酸处理了一系列物质，包括蛋清、血液、纤维素和小麦面筋等等，发现都有一些絮状物和凝结体出现。当事人认为这个东西它可能是存在于所有的有活性的物质中。到了19世纪，另一个科学家对这些这些沉淀物进行了分析，发现他们的实验公式都是一样的。他的一个合作者用了proteios这个希腊名词，作为protos “最原初的、最重要的”的变体，以体现这个东西因为在生命活性的物质中都存在、所以非常重要、可能是是生…read more
