美因茨大学的Stefan Tenzer团队和根特大学的Lennart Martens团队等日前于Research Square上发布了合著文章High-coverage immunopeptidomics using timsTOF mass spectrometers with Thunder-DDA-PASEF boosted by MS2Rescore的预印本。这是一篇Protocol类型文章，作者们给出的详细实验步骤包括：(1) 高回收率免疫肽组(MHC-I Immunopeptidome) 富集的样本制备方案；(2) 使用Thunder-DDA-PASEF获取质谱结果的质谱数据采集方案；(3) 使用PEAKS XPro和MS2Rescore进行肽鉴定的数据分析方案。
原文链接：https://www.researchsquare.com/article/rs-4849156/v1
Thunder-DDA-PASEF coupled with MS2Rescore原文链接：https://www.nature.com/articles/s41467-024-46380-y
MS2Rescore原文链接：https://www.mcponline.org/article/S1535-9476(22)00074-3/fulltext
研究者们以淋巴母细胞系JY Cell Line作为测试样本。样本制备的每组细胞用量10E8、质谱分析的每组细胞用量10E7(等量换算)。整套流程可以稳定获得~15000 peptides的鉴定，其中80-90%的长度在8-13AA之间、再其中85% ~ 95%可通过预测软件评估。
“照葫芦画瓢”可比自己扒拉方案要舒服多了。
