English Title: New Mass Spectrometers for Neoantigens
Genentech的研究家们于7月30日在MedrXiv上线了他们评估diaPASEF分析鉴定肿瘤新生抗原的技术工作：diaPASEF analysis for HLA-I peptides enables quantification of common cancer neoantigens（https://doi.org/10.1101/2024.07.30.605861）。
研究者们使用timsTOF SCP质谱系统为工具、以人恶性黑色素瘤A375细胞系提取的HLA-I肽为材料。从1.25E7细胞起始量中研究者们鉴定出超过1万种肽（以往常常需要超过5E8细胞起始量和精心设计的分馏方案方能达到这个数量）；从5E5细胞起始量中鉴定出超3.4k种肽（看来对FACS分选的细胞做免疫肽分型不再是梦…）于文中，研究者们还利用了SILAC-DIA来评估方法的定量效果，并发现四倍稀释的样本仍可获得很好的定量重现性。
本工作的通讯之一Christopher Rose博士（https://www.gene.com/scientists/our-scientists/chris-rose）是质谱学专家。笔者对Rose博士近期的研究印象最深的有两篇，一篇是发表在Nature Methods上的、关于单细胞蛋白质组经典方法ScoPE-MS的质控论文：Defining the carrier proteome limit for single-cell proteomics （https://www.nature.com/articles/s41592-020-01002-5），评估Carier通道对单细胞蛋白质质谱的定量水平的影响、并开发了一款亲测好用的评估质谱二级离子定量准确度（不只适用于TMT）的软件SCPCompanion。另一篇是2023年底发表在Nature Biotechnology上的、关于泛癌新抗原的筛选工作：Systematic discovery of neoepitope–HLA pairs for neoantigens shared among patients and tumor types （https://www.nature.com/articles/s41587-023-01945-y）。论文中构建了一个高通量筛选平台，利用表达单一HLA等位基因的工程化细胞模型、和体外肽-HLA结合测定技术，以快速筛选大量候选的新抗原-HLA配对（从24000种筛出844种、再从中(技术上)验证出86种）。论文中还利用了时间分辨荧光能量转移（TR-FRET）技术来更灵敏地检测配对复合物的稳定性。面对有大厂背书的系统化筛选工作，“小作坊”玩家们可以试试从原始数据里披沙拣金（虽然很可能最有用的那份share已经被剔除了…）。
当免疫肽组越来越成为一种系统工作，新入局的学院派研究者们面临各种迫不得已的卷：卷还没分析过的疾病、卷仪器的工作时长、卷从新质谱在ASMS上被宣告到被市场接受的时间差。
