Bruker公司的科学家们于2024年10月26日在丹麦召开的iSCMS2024世界单细胞质谱会议上公开了他们关于单细胞蛋白质组的最新技术海报，着重介绍了其基于Bruker timsTOF Ultra2质谱搭建的高通量分析系统及效果。海报来源于ionOpticks公司于社交媒体发布的照片（下图）。
该系统使用CellenOne的ProteoCHIP进行单细胞分离和前处理，使用EvoSep的Evotips Pure进行多肽提纯和色谱分离，使用Bruker的timsTOF Ultra2进行质谱数据采集，使用Spectronaut 19进行数据分析。
当使用dia-PASEF模式对单个HeLa细胞的蛋白质组进行数据采集时，在120SPD（Sample Per Day，即理论每天可分析的样本数）下可鉴定2300种蛋白、80SPD下可鉴定3000种蛋白、40SPD下可鉴定4000种蛋白。
当使用dda-PASEF模式、结合TMT标记技术（9标）时，在120SPD下可实现一天分析超过1000个样本；整体鉴定数目未提。但在进行应用展示、对HEK293等三种细胞的单细胞蛋白质组进行PCA 分类时，结合TMT标记不仅让研究者们一天就收集齐了1080个数据，并且也减少了数据缺失率，有676种蛋白在全部的样本中被鉴定到，这已足以对这些细胞进行分类。
