蛋白质组:蛋白质的4+级结构(中)

原标题:蛋白质是什么?(中)

蛋白质组:蛋白质的4+级结构(上)

蛋白质的结构

这种持续连接的多个氨基酸的组合就是一个多肽的序列,我们把它叫做蛋白质的一级结构,空间表示为一条线;而蛋白质的二级结构就是当我们把线进行缠绕弯曲、摆出的造型。这种造型是通过化学作用力来来实现和维持的。如图,因为作用力的牵引,有的氨基酸就会被拉上去,结构上看就会弯曲起来。

这是一种最简单的叫弯曲的结构,我们把它叫做阿尔法螺旋;其他的二级结构包括也包括一种折叠型构想,如图。大家想象一把剪刀,我们把剪刀收回的时候,剪刀的尖尖就连到一起去了。我们把它叫做贝塔折叠。而除了这两种却常见的结构之外,我们还有比如说贝塔转角、无规卷曲等等。

蛋白质的三级结构是多个二级结构的拓扑。可以理解成二级结构在空间层面的叠加。如图。而形成一个蛋白往往是有不只一个多肽组成的,若干存在三级结构的多肽绞合在一起就成了蛋白质的四级结构。

联系到之前举的例子,这条线就是我们今天说的一级结构;当我们把这条线卷曲盘旋再跟其它的线绕到一起,就能形成一个四级结构。

按照之前概念延伸的话,我们可以说蛋白质组是蛋白质的五级结构了;但是因为这个概念还没有被官方界定,所以我们暂时把它定义成4+级结构:若干个蛋白质同时存在于一个空间的情况,称为蛋白质的 4+级结构 。它们之间会形成多种相互作用并行使生物功能。

这种示意图在科研作图当中经常使用:每个点表示一个蛋白质,每条连线表示它们的相互关系。它们形成了蛋白质的相互作用网络,我们可以认为它是蛋白质的4+级结构。


蛋白质的4+结构图看起来很复杂,但其实做起来不难。有一个网站叫string,是一个包括了蛋白质相互作用信息的数据库。网站的页面左部有一个选择多个蛋白的选项。我们会把多个蛋白的名字输入进去,如这里的示例;之后点 search。如果说它们有相互关系或疑似的相互关系,string会把他们的相互关系给画出来,如下图。我输入了7个蛋白,其中有5个蛋白是有相互联系的。它们的相互联系不止一条线,说明它们有多种相互关系,可能是来自于不同文献的报道、或是来自于在不同条件下的实验等等。图中有两个有特点的蛋白是作为大家相互作用的枢纽,如果没有这两个蛋白的话,其余蛋白就不能起到联系。而还有两个蛋白是孤岛蛋白,跟其他蛋白都没有作用。同时这个网站还给出了我们这些蛋白的一些功能的注释。因为这7个蛋白里面有5个都起了相互作用,最显著的、涉及到最多蛋白的一些作用功能就被优先列出来。

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原标题:蛋白质是什么?(中) 蛋白质组:蛋白质的4+级结构(上) 蛋白质的结构 这种持续连接的多个氨基酸的组合就是一个多肽的序列,我们把它叫做蛋白质的一级结构,空间表示为一条线;而蛋白质的二级结